Старинна легенда разказва за мъдри и силни духом кремиковчани, решили да издигнат храм на Св. Георги Победоносец. Те се спрели на местността „Зиданска страна" /на запад от днешното местонахождение на манастира/.

Започнали каменоделците да строят в една лятна утрин. Строили темелите през деня, каквото построят на другата сутрин намирали всичко разрушено и сечивата изчезнали. Това продължило три дни и всеки път намирали инструментите на мястото, на което се намира днес Кремиковският манастир. На това – същото място, през нощта се появявало красиво и тайнствено сияние и кукуригал петел. Тогава свети човек казал: „Тук ще издигнем храма на Св. Георги Победоносец".

Кремиковският манастир бил построен през втората половина на 14 в. по време на Второто българско царство и по поръчка на цар Иван Александър (1331-1372). Той е един от манастирите, издигнати от владетеля в района на София. Те по-късно стават част от Софийската Мала Света гора.

През 1382 година София пада под турско владичество. При превземането на близката крепост „Градището", манастирът е разрушен. През 1453 г. ферман на султан Мехмед II разрешава на християните да възстановят храмовете, които не са превърнати в джамии. Тогава, през 1493г., местният болярин Радивой в памет на децата си Теодор и Драгана /които са починали вероятно по време на голямата чумна епидемия от 1492г./, и с активното съдействие на Софийския митрополит Калевит, възстановява малката църква "Свети Георги" и богато я изографисва /за тази история разказва и стенописът в предверието – на ктитора Радивой и семейството му, в момент на предаване на дарението/.

Църквата е продълговата, еднокорабна и безкуполна сграда с полуцилиндричен свод. Строена е от камък, малки тухлички и хоросан. Има основно помещение с олтар и предверие. През 1503г. при земетресение покривът на храма е разрушен и е направен нов. В центъра на манастирския комплекс – над вратата, има надпис, който съобщава за обновяването й през 1611г. 1

Стенописите в църквата са от 1493г. и от 17 и 18 век. Сред по-интересните фрески са: житието на Св. Георги, нрисуван на трон, което се случва много рядко и показва неговата царственост, на Богородица и Св.Анна, прекрасните образи на Св.Теодор Стратилат и Теодор Тирон, върху чиито брони са разчетени имената на зографите Стоян и йеромонах Антоний, рисувал и църквата в Драгалевския манастир. Бил пристроен и изписан екзонартекс, като спомен от него е останала само сцена от "Страшният съд". По време на последната реставрация на старата църква „Свети Георги", е открит фрагмент от ранна живопис (фон и обрамчващи елементи), предхождаща 15 век, доказателство за това, че българското изкуство изпреварва с един век западния Ренесанс, което е признато и от специалисти в тази област. Заради изключително красивите си и ценни стенописи църквата е обявена за паметник на културата.

През 17-18 в. в манастира работела една от най-големите книжовни школи в района. Тук се преписвали богослужебни книги и книги с проповеди. В библиотеката на храма до 1898 г. се е намирало Евангелие на поп Йоан Кратовски от 1579 г., "Кремиковски триптих" с народен поменик от ХІV век, както и сборник жития за м.юни, юли и август. Иконостасът е дърворезба, изработена от Петър и Филип Филипови. В Националния църковен историко-археологически музей се съхранява уникалното „Кремиковско евангелие" от 1497 г., което съдържа 307 страници с текстовете на четирите евангелия, украсени с красиви заставки и заглавки в началото на всяко евангелие. Подвързано е с позлатена сребърна обковка. То било изработено по поръка на митрополит Калевит и дълги години се е ползвало като служебно евангелие на черквата.

Тук са предадени и съхранявани мощите на Св. Георги Нови Софийски, изгорен през 1515 г. за християнската вяра, които според преданието били намерени от един овчар и пазени от него в продължение на 30 години.

През годините на робство Кремиковският манастир никога не е запустявал.

От самото създаване, освен че е огнище на българския дух и култура, по-късно се превръща в закрилник на хайдутството и четничеството. След разбиването на четата на Хаджи Димитър и Стефан Караджа двама четници намират убежище под покрива на храма.

Тук се е укривал няколко дни вторият знаменосец от четата на Христо Ботев - Димитър Стефанов-Казака от Сливен. След смъртта на Ботев и на първия знаменосец, знамето е отковано от дръжката си, по думите на Никола Обретенов: "Сливенчето го запаса на кръста си и замина с Георги Апостолов из Балкана". Димитър Казака е ранен, но 2 успява с други трима четници да се добере до манастира. Магерът от Кремиковци, Геко Палев, го лекува и се грижи за тях няколко дни. За съжаление, турците научават че в манастира се крие четник и искат предаването му. За да запази манастира, игуменът хаджи Авксентий го снабдява с храна и го провожда до хралупа в гората. След няколко дни потерите на Малич Байрактар го откриват. Измъчват го жестоко, изгарят знамето, което откриват на кръста му и зверски го съсичат. Убит е през 1876 г., а на мястото на гибелта му през 1912 година е изграден паметник.

След Освобождението /през 1879г./ в Кремиковския манастир се заселват двадесетина монахини, македонски бежанки от Малешевско. Божиите сестри дават нов живот на манастира. През 1897г. Иван Вазов посещава храма и с изненада открива, че е вече девически. Омагьосан от манастира, той пише пътепис за него. Вазов вижда хубава черква, сграда с чардак и килии за сестрите, станове за тъкане, а в обора – волове, коне и манастирски файтон. И най-главното – „уред, чистота и прибраност"